为了更好的利用南大在中华语言和文化方面的专家人才和丰富资源，南大于2005年与中国国家对外汉语教学领导小组办公室联合设立了南洋理工大学孔子学院, 该学院是新加坡首家与中国中央政府合作成立的中华语言和文化学院。
在中国国家汉办与山东大学国际教育学院的鼎力支持下，南大孔子学院致力于提升新加坡华文的整体资源、教学水平与学术研究，为新加坡和本区域培养学贯中西的双文化人才，促进新加坡与中国的学术交流，扩大与世界华人、华社的联系。
学院自去年成立以来，已为本地的华文教师、学生及公众举办了多个精品培训课程，并组织文化与教育浸濡项目，为学员提供提升自我和体验中华语言和文化的良好平台。
南大孔子学院现今已成为世界孔子学院发展的典范，在2006年世界孔子学院大会上, 院长许福吉教授作为世界孔子学院院长代表，接受了中国中央电视台专访。
孔子学院已于2006年下旬在南大纬壹校区正式运作。
康奈尔-南洋款待管理学院
为满足硕士生的需求变更，以及切合款待业的全球化趋势，久享盛誉的美国康奈尔大学酒店管理学院与在亚洲开办杰出商务课程的南洋理工大学商学院携手合作，设立康奈尔——南洋款待管理学院，授予款待管理学联合硕士学位。攻读这项课程且拥有学士学位的学生，可在为期12个月的三个密集学期内考取硕士学位。
该硕士学位获得美国国际管理教育联合会认证，主修科目包括通讯学、企业财政、人力资源、信息系统、管理会计、营销学、营运学、产业开发，以及策略学等，选修科目则按照职业类别分成多个组群，包括营运管理、房地产、企业家、营收管理，以及营销管理和信息系统。
酒店管理学院与南洋理工大学商学院兼具优质师质，为款待管理学硕士学生提供有关款待业的真知灼见，以及重要得职业联系，再加上广泛的校友联系网以及业内执行人员的定期造访，更提供了绝佳的就业机会。
2005年，南大设立了高等研究所，致力于促进科学与技术领域最高水平的研究。南大邀请了11位诺贝尔奖获奖人出任研究所的国际顾问团顾问，其中包括1999年诺贝尔化学奖得主Ahmed H. Zewail教授，1997年诺贝尔物理奖得主朱棣文教授以及1975年诺贝尔生理医学奖得主David Baltimore教授等。
凭借在科学与技术学科的领先优势，南大于2006年7月设立了"杨振宁精英计划"。这项课程专为对科学拥有浓厚兴趣的优秀学生而设，培养学员具备扎实深厚的科学和数学理论基础，进而专攻科学和工程领域的深入研究，旨在培养21世纪引领全球发展的科学与工程精英人才。
连氏中国企业研究中心
由南大与连氏基金携手创建的连氏中国企业研究中心，于2006年12月11日在南大正式成立。这是新加坡首家以中国企业为研究对象的研究中心，它将推动南大成为本地主要的中国企业研究中心。
南大在新加坡争取中国市场的竞争中具有独一无二的优势，具备从事中国相关研究及教育的专长，有利于深入了解中国企业的实际运作，让新加坡商人能获得援助，更好地掌握中国的商机。中心将根据中新两国的共同利益寻找及开拓商机，致力把两国的物力与智慧资源，同全国、跨国及环球企业联系起来。此外，南大也将借助与中国企业界和政府部门的广泛联系，为新加坡公司提供支援和咨询，让新商家更快掌握在中国的经商之道。
连氏中国企业研究中心将以研究作为发展基石，通过访问公司的方式，针对新中两国公司的案例进行研究分析。这些案例将协助企业家了解中国的庞大市场。南大学生也将参与其中一些项目。
南洋科技创业中心于2001年由南大和新加坡经济发展局联合创办，拥有一流的教学设施；南大在政府以及海内外学术和企业界的广泛联系，使南洋科技创业中心在办学资源方面有着得天独厚的优势。
目前，南洋科技创业中心已开设了创业与创新研究生文凭课程、创业与创新硕士课程、本科生创业副修课、和创业短期课程等不同种类、不同层次的创业教育项目。
中心将系统的创业理论和方法纳入到创业与创新硕士课程，决心为华人社会打造一批具备国际视野、熟悉创业规则的创业与创新人才。